Au début de Naruto Shippuden, Naruto était encore plus fort qu'avant, et lui et Sakura ont réussi le test de la cloche de Kakashi. Cependant, Naruto était également très préoccupé par la recherche de Sasuke, et cela l'a conduit à chercher Sasuke peu de temps après Gaara a été sauvé de l'organisation Akatsuki.
Naruto, Sakura, Sai et Yamato s'introduisirent dans l'une des cachettes d'Orochimaru, et Sasuke s'y trouvait. Cependant, Naruto n'était pas prêt pour cette épreuve de force, et Sasuke aurait pu tuer Naruto sur un coup de tête. Naruto aurait dû avoir un peu plus de patience et de discrétion que cela.