Après avoir quitté définitivement l'Akatsuki, personne ne s'attendait à un retour de Konan dans l'histoire pendant un certain temps. Cependant, Obito a veillé à ce que Konan soit éliminé immédiatement. Les deux se sont engagés dans un combat dans lequel Konan est sorti victorieux et a réussi à tuer Obito, seulement pour qu'il utilise Izanagi et la prenne par surprise.
Non seulement Obito a surpris Konan mais aussi la totalité des fans. Konan a fini par mourir dans une douleur atroce tandis qu'Obito a récupéré le Rinnegan de Nagato et l'a utilisé pour son propre chef.