Lors de son combat contre Pain, Jiraiya a révélé le Mode Ermite pour la première fois, et il a presque réussi à vaincre l'ancien chef de l'Akatsuki avec cette technique. Le mode Ermite consiste à mélanger de l'énergie naturelle avec son chakra, ce qui amplifie considérablement les capacités de l'utilisateur, tout en lui donnant accès à une variété de nouvelles techniques.
Jiraiya est peut-être capable d'entrer en Mode Ermite, mais il ne l'a pas maîtrisé, c'est pourquoi il obtient une apparence de crapaud avec des mains et des pieds palmés. S'il avait vécu, il aurait probablement continué son entraînement, et avec la disparition de la menace posée par l'Akatsuki, il aurait eu tout le temps de le faire.