Naoya Mukai est un lycéen amoureux de son amie d'enfance Saki Saki, qui accepte finalement une de ses nombreuses confessions et devient sa petite amie. Naoya est excessivement enthousiaste à propos de cette nouvelle relation, mais de manière attachante. Cependant, son engagement est remis en question lorsque Nagisa Minase, un camarade de classe de Naoya et Saki, se confesse à Naoya. Ne voulant pas dire non, Naoya élabore un plan astucieux où il réunit Saki et Nagisa et leur demande s'ils peuvent sortir ensemble.
Tout comme A Couple of Cuckoos, Girlfriend, Girlfriend ne se prend pas trop au sérieux, s'appropriant l'histoire ridicule avec une comédie encore plus farfelue comme Naoya et Saki cachant leur relation avec Nagisa à leur ami Shino alors qu'ils séjournent dans une station thermale. Les animes de comédie romantique comme Girlfriend, Girlfriend et A Couple of Cuckoos donnent vraiment vie à l'hilarité de situations improbables, mais avec des moments cools comme Saki qui veut apprendre la cuisine avec Nagisa pour impressionner.