Bien que Gon soit un protagoniste adorable, il est loin d'être intelligent comme certains des personnages d'anime les plus intelligents de tous les temps. Lorsqu'il s'agit de calculs, de statistiques et de mathématiques, Gon n'arrive pas à comprendre ce que les autres essaient de lui dire. La scène où la confusion mathématique de Gon est la plus grande est celle de son combat avec Knuckle.
Lorsque Knuckle explique le calcul de l'aura à Gon, il se retrouve en état de mort cérébrale et ne suit pas ce que les autres lui disent, même s'ils l'expliquent en détails concrets. Parmi les autres exemples, citons Kurapika qui le corrige à propos du poids de la propriété de la famille Zoldyck et Killua qui lui dit qu'il a mal compris le prix d'un objet via l'étiquette.